或许是为了回应此前遭人诟病的改革评判标准，2016年4月，清华大学决定设立「基础教学年度教师奖」，专门面向在学生中享有良好声誉的基础课和公共课教师。每名奖金五万至十万元，每年评选一次，每次评选五到十名基础课教师。
但《中国新闻周刊》（亦在这份由校领导转发给记者的通知里注意到，候选人必须满足在清华大学教龄满20年以上的条件。在2014年曾轰动校园内外的因「非升即走」规定而不得不离开教学岗的清华大学外文系教师方艳华，当时37岁，显然无法满足这个条件。
如何更加平稳而有效地推进人事制度改革，仍然是摆在校领导面前的难题。
但张桦认为，这并不妨碍离开清华校长岗位的陈吉宁可以自豪地说，自己坚持住了，并且已经努力做到了最好。
他回想，如果陈吉宁当时不这麽大力推行此事，最终会带来改革结果的异变。在观望的人群发出种种消极声音时，他猜测，陈吉宁及主推此事的校领导，或许也产生过动摇。
当校内传言四起，说陈吉宁即将去环保部任职时，陈吉宁仍然保持着原有的势头，继续努力推进这项改革。而当陈吉宁离开清华大学时，所有人都在问，校长都走了，这个改革是否还要继续。「因为大家都知道，这个改革，如果不是陈校长这麽推，到不了今天。」
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2016年1月，清华大学2015至2016学年秋季学期考试週的最后一天，在陈吉宁离开清华大学的一年之后，校长邱勇宣布，纳入学校人事制度改革范围的38个院系全部如期完成改革方案制定工作，「取得人事制度改革的标志性阶段成果。」
张桦说，邱勇任副校长时便与陈吉宁配合，积极推动此项改革。几乎在每一个院系人事制度改革的启动仪式上，邱勇都要说一句话：「感谢全体教师的支持！」陈吉宁离开之后，邱勇没有懈怠，继续力推此项改革。
张桦认为，陈吉宁给了自己的继任者「一股强大的推力，一种极大的信心」。
2015年11月30日，北京一辆公交车上戴着口罩的乘客。当日，中央气象台将大雾和霾黄色预警升级为橙色预警，华北黄淮大部地区数天出现雾霾天气。
「学校有什麽需要改进的地方，可以直接发短信给我」
与这份推动力相比，在学生的评价中，陈吉宁则温和得多。
陈吉宁上任校长伊始，便要求校办组织了一次学生代表见面会。王然作为自己年级的学生代表，参加了此次见面会。
他向《中国新闻周刊》回忆，学生代表并不多，各年级代表各一名，加上学生会干部，大概不到十人。陈吉宁和学校主管学生工作的副书记以及另外两位副校长一同参加了见面会。
陈吉宁让每个学生作了自我介绍，他饶有兴致地问他们的专业和学习情况，最后在见面会上，给所有学生报了自己的手机号码。「如果觉得学校有什麽需要改进的地方，可以直接发短信给我。」他说。
此后，这样的见面会组织过多次，学校不同年级、不同院系的不少学生都和陈吉宁有过这样的接触。
当年上半年，一年一度的高招季，陈吉宁首开先河，决定给高三学生写邀请信。当年招办的一名工作人员向《中国新闻周刊》介绍，这封信是陈吉宁亲自执笔写的，前后修改数次，因为陈吉宁觉得这封信代表了清华大学的形象。「作为校长，他日理万机，但这样的事情他不假人手，可见他对自己分内事轻重缓急的判断。」
录取结束之后，陈吉宁再开先河，给录取的新生写信，希望他们能独立报到。上述人员透露，这封信同样出自陈吉宁本人，也是几易其稿，但「独立」的思想从未变化。
除此之外，当年的入学通知书开始改版，新生的照片和陈吉宁的个人签名被印在每张通知书上。
校内越来越多的学生体会到陈吉宁「富有亲和力」。
他骑着二八自行车，停在清华大学第一教学楼门口，与同样骑着自行车的中国工程院院士、煤清洁燃烧国家工程中心常务副主任岳光溪聊天，被学生拍了下来，并走红网络。
也有学生看见，2013年10月31日，在清华大学主楼后厅，学校本科生特等奖学金候选人的答辩会已开始一个半小时，陈吉宁悄悄从侧门走了进来。他并未打断答辩过程，而是悄悄走到最后一排站着，和其他同学一同站着听完了答辩。
据《中国新闻周刊》了解，在陈吉宁任校长的最后半年中，曾有一名学生因一直探索创业，影响了成绩，难以获得保研资格。该学生过去和陈吉宁在见面会上有过几面之缘，他给陈吉宁发短信，表达了自己希望能在学校经管学院一个项目继续学习的想法，想请陈吉宁为自己写一封推荐信。陈吉宁在第二天回复他，自己做了推荐，并祝他成功。
这名男生最终没有被经管学院录取，而是进入清华大学其他学院继续深造，但这并不妨碍这名学生对陈吉宁的感激。
任职校领导之后，陈吉宁依然带研究生。邹骥参加过几次他的小组讨论，他发现，陈吉宁对学生的作品并非泛泛而谈，往往是给出十分具体的指导意见。「一听就知道，他花了很多时间看这些学生的东西。」
同时，陈吉宁与业界尤其是环保部依然保持着联繫。
2008年汶川地震之后，陈吉宁带领团队赶赴灾区，出具安全评估与应对措施的报告。
2009年初，环保部决定对五大区域重点产业发展进行战略环评，此次环评涵盖15个省（区、市）的67个地级市和37个县（区），覆盖国土面积111万平方公里，经济总量佔全国的1／5，涉及石化、能源、冶金、装备製造等十多个重点行业，是当时涉及地域范围最大、行业范围最广的战略环评。
陈吉宁任项目集成专家组组长，领衔此次环评，并于2013年下半年提交报告。
《中国新闻周刊》了解到，这份五大区域战略环评报告获得了环保部科学技术奖一等奖。
「陈吉宁当部长，比他当院士给国家做的贡献大」
得知陈吉宁将履新环保部党委书记及部长，张桦多少有些意外，清华的诸多改革仍在进行中，「还都在要着劲儿的时候。」
但大家又觉得，这一变动在情理之中，「如果说中国需要一位有学科背景、有勇气也有担当的环保部长的话，那麽陈吉宁就是这个选择。」
郝吉明比张桦得知这个消息更早一些。校内已有各种传说，直到陈吉宁告诉郝吉明，自己可能真的要去环保部履新了。「他认为新工作可以和专业进行结合。」而郝吉明也认为，学习环境系统分析的陈吉宁，正好可以在这个岗位上「人尽其才」。
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