此时，清华和人大两校的校领导通过交流决定，两校应联合培养环境学科人才，正如同邹骥和陈吉宁在英国海阔天空谈论时所设想的那样：清华的环境工程系学生可来人大上课，学习经济、社会、管理学知识；人大的环境经济与资源管理专业学生，可共享清华的师资，在那里学习自然科学等基础课程和工程技术类课程。因课程繁多，本科拉至五年完成，两边的学生毕业后，可以同时拿本校的毕业证，以及清华大学的工程学位和人民大学的经济学位。
邹骥作为清华的本科和硕士毕业生，此时又在人大任教，他对两校的课程、培养方案都了解，当仁不让地成为了班主任以及沟通人。
1998年陈吉宁回校后，也加入到这些学生的培养中来。
邹骥向《中国新闻周刊》回忆，当时，他们会每隔一段时间就带着两边的学生，列出各式环保所面临的实际问题，运用大家所学的经济学、工程学知识，自由讨论。最频繁的时候一周一次，最少也是一个月一次。
邹骥对其中的一次讨论印象深刻。2001年3月，布什政府以「减少温室气体排放将会影响美国经济发展」和「发展中国家也应该承担减排和限排温室气体的义务」为由，宣布拒绝批淮《京都议定书》。
事件发生后，中国尚未给出官方表态，陈吉宁和他立刻引导学生蒐集资料，在没有标准答案的情况下，根据掌握的理论和历史知识及政策信息，独立开展评论，以此培养独立评判事件的能力。最终，他们联合署名，将讨论结果发在了报纸上。「这样的讨论很有意义，如果仅仅停留在教科书里，进行脱离实际的讨论，课程就会苍白空洞。」邹骥这样评价。
他们也很快发现，这批学生到了高年级之后，在研究各项环境问题的时候，因其自然科学、社会科学的双重学科基础，分析解决环境规划管理和政策问题的能力较强。
联合办学最终因种种原因只持续了两届。他们毕业后，有小部分人被推荐到了清华继续读研。
曾在陈吉宁门下攻读硕士的一名学生梁叶告诉《中国新闻周刊》陈吉宁相较其他老师，有着自己独到的教育理念。
陈吉宁曾联繫自己在全国各地工作的昔日学生，让自己门下的在读研究生去访谈有关水业价格的问题。
陈吉宁只负责联繫、铺路，其他统统放手不管。能做成什麽样，几个学生完全没有概念。「我发现，他不仅培养我们的学术研究能力，还培养我们的综合统筹能力。事实证明，对行业的初期了解全都来自于这个暑假的访谈，不少内容在我们最终的毕业论文里也用到了。」参与其中的一名学生这样向《中国新闻周刊》回忆。
陈吉宁的这个理念也贯彻在他与学生的相处之中。如果有学生告诉陈吉宁，自己想做一个研究，陈吉宁往往不会直接评判对错，只要他觉得有一定的可行性，就会支持学生去做，让对方感受到充分的自主权，而他在这个过程中，再慢慢施以引导。
梁叶主要在环境系的系统分析研究所里做科研，这个所和原先环境系所成立的水所、大气所、固废所都不同，该所更为综合，师生的专业包括工程、经济、管理、土木、水利等。这个所传达的教育理念与过去清华人大联合办学以及陈吉宁早期的教育理念都一脉相承。
一名研究所所长曾和别人交流说：「我知道陈老师希望我能成为他那样的综合性人才，什麽都懂，但我做不到像他那样。」梁叶觉得，对方言谈里是佩服的语气。而在环境系里，有关陈吉宁的评价大多如此。梁叶推断，陈吉宁除了学术能力很强之外，还有着高超的人际交往和处理问题的能力，「他情商真的很高。」
而另一方面，陈吉宁作为导师，并没有太大的架子。开始时，梁叶总是战战兢兢的，生怕自己说错话、做错事。实际上，私底下的陈吉宁和正式场合上西装革履的那个他完全不同。他穿着普通，夏天的时候，也会穿着短衣短裤大喇喇地坐在办公室里，言谈举止没有什麽距离感。
不是单纯的学院派
邹骥和梁叶都记得陈吉宁在21 世纪初参与发起的「水业沙龙」。这个沙龙一两个月会召开一次，主要探讨行业的发展、企业的发展、管理体制和政策的创新等。
梁叶参加了多次沙龙活动，水行业是国家相对垄断的行业，只有国家授权的企业才能经营自来水或进行污水处理，而陈吉宁提出，是否可以在行业内引入民间资本。他将国企、外企请到沙龙中来，请大家共同探讨水行业的问题。
让邹骥印象更为深刻的是另一点。在英国时，陈吉宁就不是单纯的学院派，他那时就与英国的各式企业密切交流，将理论知识学以致用。邹骥认为，在沙龙时期，陈吉宁不仅请来了各种企业代表，还将建设部、环保部、水利部等官员请到场，企业、政府、学者共同讨论行业问题，并给出答案。「这是非常难能可贵的。」
后来，梁叶并没有在环境行业内就业，但也始终关注行业发展。她发现，水行业确实在按照当时他们讨论的，或者涉及过的一些模式在发展，而工程技术出身的陈吉宁，能在十年前预判到其中的一些发展趋势，梁叶觉得他十分有远见。
作为一名学者，也作为中国最顶尖大学的环境系主任，陈吉宁和政府始终保持着专业上的往来。
邹骥对陈吉宁在2005年参与两个社会公共事件时的表现颇为讚赏。
2005年3月22日，兰州大学生命科学学院客座教授张正春参观圆明园，发现园内正在进行大规模铺设防渗膜的工程。因担心铺设防渗膜会破坏圆明园的整体生态系统和古典园林风格，张正春将此事告知了媒体。
媒体报导后，圆明园防渗工程引发了极大的争议。一片质疑声中，环保部门介入调查，发现圆明园此项工程未按国家相关法律作环评报告，也未通过北京市环保局的环保审批。
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