工程被叫停之后的40多天里，仍然没有环评单位愿意接手圆明园整治工程的环境影响评价。有分析者认为，圆明园防渗工程环评技术难度较大、涉及面较广，而且环评报告直接关系到圆明园防渗工程的「生死」，环评单位对其环评报告必须承担相应的法律责任。因此，许多环评单位不愿冒此风险。
而风口浪尖上的相关部门，非常希望中国的科学家以及学术单位可以站出来。有人找到了清华大学环境系，陈吉宁就拍板承担了这个环评项目。
此次环评不仅风险高，经费还很少，总费用7.2万元，几乎全部花费在分析、调查、资料打印上。清华大学环境系大概有二十多位老师投入到项目中，另外，北师大、农大、首师大等多家单位也参与其中。
后来，陈吉宁解释了自己接手的原因，他觉得清华大学本来就负有这样的社会责任。
2005年11月13日，吉林石化公司双苯厂一车间发生爆炸。爆炸发生后，约100吨苯类物质（苯、硝基苯等）流入松花江，造成了江水严重污染，沿岸数百万居民的生活受到影响。
陈吉宁再次临危受命，带领团队前往污染现场做环评。曾有媒体报导，当时，陈吉宁不仅迅速从技术上帮助政府出谋划策，还给在建设部担任专家组成员的刘文君打电话，让他联繫相关领导去现场参加应急供水工作，及时缓解哈尔滨市民饮水紧张的问题。这件事给刘文君留下了深刻的印象，认为陈吉宁既有专业知识，又看得很长远，考虑的问题和提出的对策都很有远见。
邹骥也向《中国新闻周刊》透露了一个细节。离京很久的陈吉宁刚从污染现场回京到家，现场方致电陈吉宁，需要他回去，陈吉宁二话没说，调头回机场。「有的教授会讲究待遇、职称，陈吉宁不是，他有一种使命感，有一种担当。」
「明显有一种推背感」
在清华大学校内，校长、副校长的选拔均要进行民意测验。
中层干部、老干部、各学院工会组长、教师代表等，均要从一份各学院正处级干部的名单中，海选出自己觉得可以成为校级领导的人。
那些年，环境系的发展十分突出。年轻教师成长快速，教学、科研等都在学校统计中遥遥领先。
环境系主任陈吉宁的名字自然被人提了出来。据相关人士向《中国新闻周刊》回忆，那时，大家有共识，清华大学60后的干部中，有几人比较突出，包括后来的校长陈吉宁、书记胡和平和陈旭，他们都在清华读的本科，均是优秀毕业生。
2006年2月，42岁的陈吉宁、44岁的胡和平成为清华大学副校长，43岁的陈旭成为清华大学党委副书记。
一名知情人向《中国新闻周刊》透露，赴任前，陈吉宁经过了一段时间较为痛苦的思想斗争。一旦做了副校长，学术精力必然会被分散，继而远离学术。他思考了很久，仍然决定赴任。
半年后，陈吉宁任党委常委，2007年末，任常务副校长。2012年2月，清华大学百年校庆刚过十个月，48岁的陈吉宁接棒顾秉林，成为新百年的第一任校长，也是少见的非院士校长。
清华一名教师告诉《中国新闻周刊》，陈吉宁与前任顾秉林不同，顾秉林更像是学者型的领导，这或许也和他将近70岁的年龄有一些关系。陈吉宁则不同，他敏锐、果断、雷厉风行，放眼全局后，能在具体的事情上迅速抓住症结，并作出判断。他一旦决定实施某件事，并做了广泛的调研之后，会目标明确地去推进此事。
当时在校内任中层干部的张桦（化名）也告诉《中国新闻周刊》，陈吉宁给下属传达的，是来自领导决策之后强大的推动力，「明显有一种推背感。」
接受采访的每一位清华校内教职工，均对《中国新闻周刊》谈及陈吉宁上任后主推的人事制度改革。
知情人向《中国新闻周刊》回忆，改革前，清华大学历史负担较重，用人制度按资排辈，「优秀的留不下，不适合的淘汰不走」。从讲师到副教授，再到教授，年轻人难以走上舞台，相应的职称和待遇也始终跟不上。
张桦则用「大锅饭」来形容过去的情况，学科带头人、跟随者、边缘化的人，并没有太大的差别，绩效激励机制还没有发挥出这支队伍本身的潜力。
清华大学经管学院是最早探索这一改革的试点院系之一。从2006年开始，经管学院设计和实施了人事考核制度。
首先，他们将教师分为长聘和非长聘，所有教师入校后均为助理教授，均为非长聘。之后升为副教授，分为非长聘和长聘，然后才是长聘的教授。该院规定，一位从助理教授开始的教师，应在九年内获得长聘的副教授或教授。如果到期不能获得长聘，则不能延续其合同，即「非升即走」。
而评聘长聘的学术标准，是与同一学术领域内、同一学术资历阶段（通常是从获得博士学位时间开始算）的学者作比较。只有在一定范围内最高水平之一的教师才能获得长聘。一旦满足这个标准，则不受名额的限制。
其次，教师的薪酬改为年薪制。学院取消了课时费、论文指导费、论文奖励等，只确定一个年基本收入总额，以及工作任务组合。
经管学院的这项改革显然推行得较好，成为学校改革的模板之一。
2013年，校党委常委（扩大）会讨论通过了《清华大学关于深化人事制度改革、加强教师队伍建设的若干意见》，明确提出了几项主要举措，包括：突出岗位职责导向，建立教师队伍分系列管理制度；科学制定选聘标准，实施教研系列教师岗位准聘长聘制度；完善激励保障机制，全面深化薪酬福利制度改革，引导教师从项目导向转向学术导向；根据学科特点，探索相应的团队建设模式。
张桦回忆，人事制度改革推进时，校内各个层面都阻力重重。「关涉到每个人的切身利益，可以说，陈校长当时力排众议推这个改革。」
改革有两种思路，一种可以像已经进行了人事制度改革的一些高校一样，老人老办法、新人新办法，可以规避很多矛盾，靠折中曲折前进。「整体改革被肢解，很可能你的分步走并不能达成最终目标。」另一种思路则是直接推进，不让整体方向发生偏移。
最终，校方选择了第二种思路。
拿个别理科院系开刀的时候，校内传闻四起，报以悲观消极态度的人很多，院系改革时反弹力度很大。陈吉宁带着校领导班子深入每个院系，和不同层面的人分批次探讨适合该院系的改革方法。
环境学院分外支持这项改革。院领导表态，他们要支持陈吉宁的工作，环境学院必须要向前走。之后，环境学院成为校内38个院系中第14个启动改革的院系。
当全校各个院系拿出改革方案时，张桦发现，没有两个院系的改革方案是完全一致的，所有院系都结合各自学科的特点，拿出了适合本院的改革方案。张桦把陈吉宁的方法称为「啃骨头、钉钉子」。
改革中出现了一些教师离开教研序列，进入行政序列的现象。但其中的部分教师，是因为专注于教学，鲜有科研成果，而被迫转岗。有人因此诟病此项改革仍然把科研作为评判标准，而不注重教师的教学质量。
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